Вы спрашивали - мы отвечаем:

Одно юр. лицо приобрело у другого юр. лица квартиру по вексельной схеме.
Договор отправили на регистрацию. Продавец отозвал договор с регистрации. Что делать? 

Добрый день, Григорий
Ничего не делать. Заключение договора не состоялось. Продавец передумал продавать - имеет право. Свобода договора. Расходитесь. Забирайте вексель. Не отдают? Хищение. Неосновательное обогащение. Это все.
Можно подать иск о понуждении к совершению регистрационных действий. Но если Продавец укажет на отсутствие у него намерения или возможностей исполнять договор, - то и регистрировать его нужды не будет. Так в иске будет отказано. Не тратьте Ваше время. Всего хорошего.